1960年6月 扬州市人民委员会批复,同意在市第三卫生所的基础上组建扬州市人民医院。标志扬州市人民医院正式成立。
1961年1月 医院和专区水利工地医院完成合并工作,院址设在今国庆北路395-397号,实际开放床位150张,全院职工95名。
1963年 扬州市委组织部批复,同意医院成立党支部委员会。
1967年 医院一度被群众组织更名为“扬州市白求恩第二医院”。
1969年12月 扬州市革委会、市卫生局决定将扬州市人民医院和扬州市妇幼保健院合并,院名仍为“扬州市人民医院”,核定床位200张 (实际开放230张)。
1972年12月 医院外科大楼基建动工,三层楼房,面积2687平方米,1974年1月投入使用。
1975年 中共扬州市委批复,同意医院党支部改建为党总支委员会。
1980年7月 江苏省卫生厅确定医院为南京医学院和扬州医学专科学校的实习基地。
1982年10月 扬州市妇幼保健院正式恢复,从医院分出单独建院。
1983年 扬州地区、市卫生局合并。医院升格为市(地)级综合医院。
1984年12月 医院建立职工代表大会制度,召开首届一次职代会,是市直卫生系统第一个建立职代会制度的单位。
1985年5月 市委决定,医院党总支委员会改为党委建制。
1989年2月 经扬州市政府批准,医院升格为副县级单位。
1994年7月 经扬州市卫生局同意和市机构编制委员会批准,医院更名为“扬州市第一人民医院”。
1997年1月 医院通过三级医院基本标准评审。
1997年2月 医院成为南京铁道医学院附属扬州医院。
1997年2月 医院综合病房大楼落成庆典。
1997年10月 医院信息系统上线。
1999年9月 医院荣获“全国精神文明建设工作先进单位”称号。
2001年2月 医院由南京铁道医学院附属扬州医院更名为东南大学医学院附属扬州医院。
2001年 心血管内科、影像科被评为江苏省临床重点专科。
2003年6月 医院网站正式开通。
2004年3月 医院通过ISO9001质量管理体系认证。
2004年 医院被评为为江苏省三级甲等医院。
2005年10月 医院荣获“全国文明单位”称号。
2005年 成为扬州市首家使用临床检验系统(LIS)的综合性医院、合理用药软件上线。
2006年7月 经扬州市机构编制委员会研究并报市委常委会审定我院为正处级单位。
2009年5月 隆重举行西区医院全面开业运行庆典仪式。
2009年5月 信息系统一院两区改造、启用手术示教系统、医学图像采集与传输系统(PACS/RIS)、超声系统、内镜检查系统。
2009年 消化内科被评为江苏省临床重点专科。
2010年1月 “肝癌组织中靶向纳米缓释药物分布及浓度变化的磁共振成像研究”获国家自然科学基金立项,为扬州市卫生系统首次获得国家级自然科学基金项目。
2012年 全面实施门诊预约挂号系统,在扬州地区率先开展“门急诊一卡通自助服务系统”。
2013年3月 东区医院新门急诊楼于3月28日投入试运行。
2013年10月 医院通过新的医院评审标准首轮三级甲等医院评审。
2013年 电子病历系统、手术室麻醉系统、临床输血及血库管理系统上线,建成短信平台。
2014年6月 医院新图书馆正式开馆,软硬件设施均达到现代化图书馆标准、与扬州市图书馆实现联网。
2014年 医院被评定为江苏省患者安全目标合格医院。
2016年1月 肾脏内科等9个专科被评为扬州市临床重点专科。目前,医院共有23个扬州市临床重点专科。
2016年1月16日 扬州市人民政府与扬州大学签署《关于扬州市第一人民医院划转为扬州大学直属附属医院的协议书》。
2016年4月 神经内科被评为江苏省临床重点专科。
2016年12月28日 医院划转扬州大学,成为扬州大学直属附属医院。