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科室于1975年正式成立，1980年开设病房。目前东西区医院均设立门诊，西区设置病床40张，东区25张。2017年度门急诊量92327人次；出院2100人次；病房手术1600例，80%以上为三、四级手术。
2000年起成立耳、鼻、咽喉头颈3个临床亚科；2002年起成为扬州市重点医学专科；现在编医生20人，其中硕导1人，高级职称11人、中级职称6人，在读博士5人。程泽星主任担任扬州市耳鼻咽喉科主任委员。科室配备日本PENTAX电子鼻咽喉镜、德国STORZ手术超高清影像系统、德国蔡司手术显微镜、美国medtronic手术动力系统，全套丹麦OTOmetrics的高精度听力计、中耳分析仪、全功能耳声发射测试仪、听觉诱发电位系统用于临床听力疾病的系统性诊断和研究，并配备了耳鸣治疗仪用于耳鸣治疗康复，拥有眩晕综合诊疗系统和平衡康复训练系统用于各类眩晕疾病的整体治疗和康复。科室成立后先后开展多项高难度的手术：迷路瘘管修补手术、人工听骨植入手术、耳内镜下鼓膜修补术、面神经减压术、三叉神经根微血管减压术；鼻内镜下鼻腔、鼻窦肿瘤切除手术、鼻内镜下鼻腔泪囊吻合术、鼻内镜下眶及视神经减压术、鼻内镜下脑脊液鼻漏修补手术；保留悬雍垂腭咽成形术；喉狭窄成形术、各类喉癌、下咽癌手术。此外科室还开展了耳声发射检查、变应原测定及脱敏治疗、多导睡眠监测、电子喉镜、嗓音分析、耳鸣眩晕专科检查治疗等门诊诊疗工作。
科室于1996年以来获省市科技进步奖、新技术引进奖近20项；2016年“CT引导在治疗颈深部脓肿的应用价值”获扬州市新技术引进奖一等奖。科室发表核心期刊学术论文近百篇，近3年来在“中华系列”学术杂志发表论著20余篇。2010年科室协办了江苏省耳鼻咽喉科年会；2013年主办了宁镇扬耳鼻咽喉科年会；2011年、2015、2016年举办了多次省、市级继续教育项目学习班。科室自2011年至今，多次派出高级职称人员长期支援新疆、陕西卫生工作。
