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我院病理科始建于1973年，是扬州地区最早成立的病理科。经过近50年的建设和发展，现已成为第一批国家住院医师规范化培训专业基地、江苏省临床重点专科、江苏省病理科专科联盟常务理事单位、扬州市临床重点专科、扬州市病理科医疗质量控制中心、扬州大学医学院临床病理学硕士学位培养点。
目前科室有医技人员19名，其中高级职称8名，博士2名，硕士研究生导师6名。科室历来注重人才培养，每位医技人员都有各自的亚专科特长，以专业、精准的病理诊断服务临床、服务患者。
科室拥有大量先进的精密仪器，包括：包括Roche BenchMarK XT全自动化免疫组化染色平台、ABI荧光定量PCR仪、S500荧光原位杂交系统、德国徕卡冰冻切片机、珊顿全自动封闭式脱水机、赛默组织包埋机、赛默组织切片机、樱花全自动染色封片平台、病理质控及信息管理系统、BD液基超薄细胞检测仪、DNA倍体定量分析仪等。能够高质量完成日常医疗工作。开展常规病理诊断、术中冷冻切片诊断、免疫组化检查、分子病理学检测、液基薄层细胞学检测与诊断、宫颈细胞DNA倍体检测、人乳头瘤病毒HPV E6/E7mRNA核酸检测、肿瘤异常蛋白 （TAP）检测、结直肠癌早期筛查、细胞学蜡块检查与诊断等。
作为扬州市病理质控中心挂靠单位，科室每年为扬州地区病理从业人员提供各种培训、学习，为扬州及周边地区医院提供技术支持及疑难病理会诊工作。
